Tak jak w przypadku „klasycznych” patentów, utrzymanie patentu jednolitego będzie wymagało wnoszenia corocznych opłat za przedłużenie ochrony. Standardowo utrzymanie wiązki patentów europejskich wymaga wnoszenia różnej wysokości opłat za przedłużenie, w różnych walutach, na rzecz krajowych urzędów patentowych działających w oparciu o różne wymogi prawne, w szczególności w zakresie terminów.
Właściciele jednolitych patentów będą uiszczać jedną opłatę za przedłużenie na rzecz Europejskiego Urzędu Patentowego (EPO), w jednej walucie (Euro) i w ramach jednego systemu prawnego w zakresie terminów i dopuszczalnych środków płatniczych (tj. karty kredytowej, przelewu na rachunek bankowy EPO lub obciążenia rachunku depozytowego prowadzonego przez EPO). Stanowi to znaczne ułatwienie dla użytkowników.